Urodził się 25 kwietnia 1906 w Kolanowszczyźnie (obecnie część Włocławka), jako syn Stanisława (robotnika) i Józefy Kostrzewskiej. W latach młodzieńczych mieszkał z rodzicami w podwłocławskim Józefowie i zatrudniony był jako robotnik.
W dniu 20 września 1924 we włocławskiej parafii pw. św. Jana zawarł związek małżeński z panną Janiną Ziółkowską, córką Józefa (robotnika) i Józefy Rezmerskiej (ur. 25 października 1902 w Kępinach – przedmieście Włocławka, zm. 6 października 1955 we Włocławku). W II połowie lat 20-tych zatrudniony jako robotnik fabryczny, w międzyczasie odbył obowiązkową służbę wojskową.
Następnie obrał karierę podoficera zawodowego, a jego jednostką macierzystą został 14 pułk piechoty z Włocławka. Rozkazem organizacyjnym Nr 1 Dowództwa 14 pułku piechoty z dnia 1 kwietnia 1932 plutonowy Stefan Markowski został przydzielony służbowo do 6. kompanii strzeleckiej. Przydział ten został powtórzony na mocy rozkazu organizacyjnego Nr 3 z 1 września 1933.
W okresie niemieckiej okupacji pracował między innymi jako cieśla. Po zakończeniu II wojny światowej zatrudniany jako pracownik umysłowy, rolnik oraz pracownik fizyczny.
Stefan Markowski zmarł jako rencista 2 lipca 1965 we Włocławku i spoczywa na tamtejszym cmentarzu komunalnym – sektor: 84 D, rząd: 5, grób: 54.
Dziećmi Stefana i Janiny byli urodzeni we Włocławku: Marianna Kazimiera (ur. 9 września 1928), Daniela (ur. 25 kwietnia 1930), Józef (ur. 1 kwietnia 1935), Jan (ur. 13 listopada 1939) oraz Jadwiga (ur. 19 września 1943).
