Urodził się w dniu 20 lipca 1895 w miejscowości Jagiełła pod Przeworskiem jako syn Jana i Małgorzaty Drzystek. Po wybuchu I wojny światowej został wcielony, w dniu 14 września 1914, do armii austriackiej i przydzielony do c. i k. 90 pułku piechoty, służąc w którym został z dniem 1 grudnia 1917 awansowany, po ukończeniu kursu oficerskiego, do stopnia podporucznika rezerwy piechoty. Podczas swej służby w c. i k. armii odznaczony został: brązowym Medalem Waleczności, srebrnym Medalem Waleczności 2 klasy, Medalem Zasługi Wojskowej („Signum Laudis”) oraz Krzyżem Wojskowym Karola.
W listopadzie 1918 razem z innymi żołnierzami i oficerami 90 pp rozpoczął powrót z Odessy do Jarosławia. W jego trakcie, jako dowódca kompanii, uczestniczył w odbijaniu Włodzimierza Wołyńskiego z rąk Ukraińców. Pod koniec listopada 1918 dotarł ze swą kompanią do Jarosławia, gdzie po kilku dniach rozpoczął służbę w 9 pułku piechoty, przemianowanym wkrótce na 14 pułk piechoty. W szeregach tego pułku walczył w wojnie polsko-ukraińskiej, po czym w sierpniu 1920 został wraz z batalionem zapasowym 14 pp skierowany do Włocławka.
Dekretem Naczelnego Wodza z 30 marca 1920 ppor. Hanejko został mianowany warunkowo (do czasu ukończenia prac przez Komisję Weryfikacyjną) porucznikiem w piechocie z dniem 1 grudnia 1919. W sierpniu 1920 podczas obrony Włocławka przed bolszewikami dowodził jedną z kompanii batalionu zapasowego 14 pp. Wyróżnił się podczas tych walk, za co został przedstawiony do odznaczenia orderem Virtuti Militari (ostatecznie orderu tego nie otrzymał). W dniu 21 sierpnia 1920 objął stanowisko dowódcy 2 kompanii batalionu zapasowego 14 pp. Dekretem Naczelnego Wodza z 14 października 1920 został zatwierdzony w stopniu kapitana w piechocie – z dniem 1 kwietnia 1920.
Pozostając w służbie w 14 pułku piechoty, na dzień 1 czerwca 1921 przydzielony był do Sądu Załogowego we Włocławku. Dekretem Naczelnika Państwa i Wodza Naczelnego z dnia 3 maja 1922 został zweryfikowany w stopniu kapitana ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 i 562. lokatą w korpusie oficerów piechoty. W roku 1923 pozostawał na odkomenderowaniu – studiował na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie (został absolwentem Wydziału Prawa tegoż uniwersytetu). W tym samym roku zajmował 409. lokatę wśród kapitanów piechoty, a rok później była to już 151. lokata. W roku 1924 kpt. Hanejko przebywał na kursie dla młodszych oficerów piechoty. Podczas swej służby w 14 pułku piechoty dowodził kompanią i piastował stanowisko adiutanta III batalionu.
W dniu 2 kwietnia 1925 ogłoszono jego przeniesienie (w korpusie oficerów piechoty, bez prawa do należności za przesiedlenie) z 14 pp do 39 pułku piechoty z Jarosławia, którego I i III bataliony stacjonowały w Lubaczowie. W tym czasie jego żona wraz z córkami mieszkała w pobliskim Przeworsku, dlatego też przeniesienie to nastąpiło na prośbę kpt. Hanejko. W nowym miejscu służby objął obowiązki obwodowego komendanta Przysposobienia Wojskowego, a w okresie późniejszym wyznaczony został na dowódcę kompanii.
W roku 1928 piastując nadal stanowisko obwodowego komendanta PW zajmował 43. lokatę wśród kapitanów piechoty, a w roku 1930 była to już 23. lokata. Zarządzeniem Prezydenta RP Ignacego Mościckiego z dnia 2 grudnia 1930 został awansowany, z dniem 1 stycznia 1931, do rangi majora z 1. lokatą w korpusie oficerów piechoty. W dniu 26 marca 1931 ogłoszono jego przeniesienie z 39 pułku piechoty do 7 pułku piechoty Legionów w Chełmie, na stanowisko kwatermistrza. Pogarszający się stan zdrowia i konieczność częstego leczenia szpitalnego zahamowały dalszy rozwój jego kariery wojskowej.
W dniu 23 grudnia 1931 ogłoszono zwolnienie mjr. Jakuba Hanejko z zajmowanego stanowiska i pozostawienie bez przynależności służbowej z równoczesnym oddaniem do dyspozycji właściwego dowódcy Okręgu Korpusu. Z dniem 31 marca 1932 został przeniesiony z dyspozycji dowódcy Okręgu Korpusu Nr II w stan spoczynku.
W roku 1934 jako oficer stanu spoczynku piechoty zajmował 1. lokatę wśród majorów ze starszeństwem z dnia 1 stycznia 1931. Posiadał wówczas przydział do Oficerskiej Kadry Okręgowej Nr X i znajdował się w dyspozycji dowódcy Okręgu Korpusu Nr X. Podlegał w tym czasie ewidencyjnie pod Powiatową Komendę Uzupełnień w Łańcucie. Zarządzeniem Prezydenta RP z dnia 27 czerwca 1938 został, za pracę w dziele odzyskania niepodległości, odznaczony Medalem Niepodległości.
Podczas kampanii wrześniowej został zmobilizowany i uczestniczył w walkach (prawdopodobnie bronił mostu w Sandomierzu). Przedostał się na Węgry, gdzie został internowany. Następnie przebywał w niemieckich obozach jenieckich. W sierpniu 1945 powrócił do Przeworska i znalazł zatrudnienie w administracji miejscowej cukrowni. Po przejściu na emeryturę udzielał korepetycji z języka niemieckiego.
Jakub Hanejko zmarł w Rzeszowie w dniu 8 lipca 1971. Spoczywa na starym cmentarzu komunalnym w Przeworsku przy ulicy Tysiąclecia (sektor: C1, rząd: 1, grób: 24).
Był żonaty z Antoniną z domu Kuźniar. Z ich związku narodziły się dwie córki: Janina Maria (ur. 1921) i Maria Antonina (ur. 1924).