Urodził się 17 listopada 1900 w Brzeźnie koło Torunia z nieznanego ojca i Józefy z domu Werner (ur. w 1873). Ochrzczony został 21 listopada 1900 w parafii Gronowo. Po jego narodzinach matka wyszła za Józefa Skrzeczkowskiego. Przyrodnimi siostrami Józefa były Stanisława Skrzeczkowska zamężna Masłowska (ur. 22 września 1902 we wsi Maciejewo, zm. 6 września 1992 w Aleksandowie Kujawskim) i Maryna Skrzeczkowska.
W wieku 8 lat rodzice posłali go do niemieckiej szkoły powszechnej, którą ukończył w 1915. W dniu 20 listopada 1917 został powołany do armii cesarstwa niemieckiego i wcielony do stacjonującego w Gdańsku 5 pułku grenadierów im. Króla Fryderyka I. Po roku służby zdezerterował i przez kilka miesięcy ukrywał się w domu.
W lutym 1919 wstąpił w Aleksandrowie Kujawskim w szeregi 31 Włocławskiego pułku piechoty i otrzymał przydział do 8. kompanii. Uczestniczył w starciach z Niemcami, a z dniem 1 maja 1919 awansowany został do stopnia kaprala. W czerwcu tr. przetransportowany wraz z II batalionem 31 Włocławskiego pp do Małopolski Wschodniej – na front wojny polsko-ukraińskiej (jego macierzysty pułk połączył się wkrótce z 15 pułkiem strzelców 4 Dywizji Strzelców Polskich, dowodzonej przez gen. Lucjana Żeligowskiego, i został przemianowany na 31 pułk Strzelców Kaniowskich). Uczestniczył w walkach nad rzekami Strypa i Zbrucz oraz pod miejscowością Germakówka. Od września 1919 do marca 1920, już jako żołnierz 31 pułku Strzelców Kaniowskich, przebywał na froncie pod Wilnem i na linii demarkacyjnej z Litwą. W marcu 1920 wraz z pułkiem przerzucony do Mińska Litewskiego gdzie brał udział w odpieraniu ofensywy bolszewickiej. W walkach odwrotowych dotarł do Warszawy, następnie uczestniczył w obronie oblężonego Zamościa. Swój udział w wojnie polsko-radzieckiej zakończył walkami o Sokal i zdobyciem tego miasta (13 września 1920).
Po zakończeniu wojny wraz z 31 pułkiem Strzelców Kaniowskich dyslokowany do Brześcia nad Bugiem, od 1921 stacjonował z pułkiem w Łodzi. We wrześniu 1921 zwolniony ze służby wojskowej i przeniesiony do rezerwy. Od października 1922 służył jako podoficer zawodowy w 14 pułku piechoty z Włocławka.
13 lipca 1921 w Aleksandrowie Kujawskim zawarł związek małżeński z Marianną Zalewską (ur. 21 stycznia 1902, zm. 15 lutego 1982).
Przez pozostały okres Dwudziestolecia jego jednostką macierzystą pozostawał 14 pułk piechoty, w którym na dzień 21 kwietnia 1924 odnotowany został w randze plutonowego. 12 czerwca 1930 jako podoficer włocławskiego pułku posiadał już stopień sierżanta. W maju 1931 piastował stanowisko szefa 2. kompanii strzeleckiej.
Mocą Rozkazu Organizacyjnego Nr 1 Dowództwa 14 pułku piechoty z dnia 1 kwietnia 1932 ponownie przydzielono sierżanta Józefa Wenera na stanowisko szefa 2. kompanii strzeleckiej. Również rozkaz organizacyjny Nr 3 z 1 września 1933 nadał mu przydział służbowy na szefa tejże kompanii. W październiku 1935 odrzucono jego wniosek o nadanie Medalu Niepodległości.
Józef Werner zmarł 30 listopada 1963 w Elblągu na atak serca i spoczywa na tamtejszym cmentarzu komunalnym Agrykola – sektor: XII, rząd: 9, grób: 11.
Dziećmi Józefa i Marianny były córki: Stefania Wanda zamężna Hajdaniuk (ur. 20 sierpnia 1922 w Toruniu, zm. 8 listopada 1999), Jadwiga Alina (ur. 22 stycznia 1924 we Włocławku) – jej ojcem chrzestnym został chor. 14 pp Franciszek Szpila i Henryka Maria (ur. 8 grudnia 1925 we Włocławku).
Sierżant Józef Werner odznaczony był:
- Medalem Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości
- Medalem Pamiątkowym za Wojnę 1918-1921
