Urodził się w dniu 22 kwietnia 1907 we wsi Wolęcin należącej do parafii Kikół (powiat lipnowski) jako syn Antoniego i Małgorzaty z Ostrowskich. Wyuczył się zawodu kowala.
Po odbyciu zasadniczej służby wojskowej rozpoczął karierę podoficera zawodowego w 14 pułku piechoty z Włocławka. W okresie od 1 października 1929 do 13 marca 1930 ukończył szkołę podoficerską 14 pułku piechoty z wynikiem bardzo dobrym i otrzymał nominację na stopień kaprala (dowódcą jego kompanii podoficerskiej był major Stanisław Pietrzyk). Rozkazem Organizacyjnym Nr 1 Dowództwa 14 pułku piechoty z dnia 16 września 1930 kapral zawodowy Wojciech Chojnacki został przydzielony na stanowisko instruktora w 3. kompanii strzeleckiej. Mocą Rozkazu Organizacyjnego Nr 1 z 1 kwietnia 1932 ponownie otrzymał przydział do 3. kompanii strzeleckiej. Z kolei Rozkaz Organizacyjny Nr 3 Dowództwa 14 pułku piechoty z dnia 1 września 1933 przydzielił go do 6. kompanii strzeleckiej. W lutym 1935 ukończył w Gdyni III. Kurs Instruktorski Podoficerów 4 Dywizji Piechoty. We włocławskim pułku piastował stanowisko instruktora wychowania fizycznego. Awansowany do rangi plutonowego.
Żołnierz kampanii wrześniowej i uczestnik bitwy nad Bzurą. Pod Sochaczewem wzięty do niemieckiej niewoli, z której zbiegł podczas transportu jeńców. Powrócił do Włocławka. Następnie zamieszkał w Świętosławiu, gdzie został zatrudniony jako kowal w miejscowym majątku. Tam dołączyła do niego żona z dziećmi. Podczas okupacji włączył się w nurt działalności konspiracyjnej. Działał w pionie wojskowym włocławskiej grupy wchodzącej w skład Tajnej Organizacji Konspiracyjnej „Grunwald”, którą kierował chor. Jan Zarębski ps. „Stanisław” – podoficer 14 pp. Grupę tę tworzyli również inni podoficerowie 14 pułku piechoty – między innymi: st. sierż. Kazimierz Domeradzki (zastępca dowódcy), chor. Aleksander Sidor, sierż. Władysław Winiarski, sierż. Kazimierz Wachowiak, sierż. Józef Gulin, plut. Wincenty Gołębiewski i plut. Stanisław Lewandowski. W sierpniu 1943 znalazł się w kadrze Inspektoratu Rejonowego Włocławek AK.
Po zakończeniu wojny powrócił z rodziną do Włocławka. W latach 1946-1947 pracował jako strażnik w Obozie Pracy Mielęcin, znajdującym się koło Włocławka (obóz ten uprzednio funkcjonował jako miejsce przetrzymywania jeńców wojennych oraz osób narodowości niemieckiej i kolaborantów). Potem przez krótki okres czasu zatrudniony był w Ubezpieczalni Społecznej we Włocławku oraz w Urzędzie Skarbowym w Lipnie. Od czerwca 1949 pracował, między innymi jako ślusarz, w Przetwórni Mięsnej Nr 4 w Czerniewicach podlegającej pod Centralny Zarząd Przemysłu Mięsnego. Jeszcze w tym samym roku nastąpiła zmiana nazwy jego pracodawcy na Włocławskie Zakłady Mięsne w Czerniewicach. Od lutego 1951 zatrudniony we włocławskim Zarządzie Budowlanym Bydgoskiego Przemysłowego Zjednoczenia Budowlanego (z siedzibą przy ówczesnej ulicy Rokossowskiego 18 – obecnie ulica Wojska Polskiego we Włocławku). Wkrótce Zarząd Budowlany został przemianowany na Oddział Produkcji Pomocniczej. W lutym 1952 Wojciech Chojnacki przydzielony był do załogi Stolarni Mechanicznej tegoż Oddziału.
Jeszcze w grudniu 1950 wszczęto wobec niego postępowanie karne z art. 286 § 2 Kodeksu Karnego. Oskarżony został o przekroczenie swej władzy i działanie w celu osiągnięcia korzyści majątkowej poprzez wykonanie wraz z kolegą kuchni blaszanej, z materiałów stanowiących własność Włocławskich Zakładów Mięsnych, i w czasie urzędowych godzin pracy. Wojciech Chojnacki okazał skruchę i tylko częściowo przyznał się do winy zaznaczając, że rzeczona kuchenka została wykonana za wiedzą i na polecenie przełożonego. Biorąc pod uwagę małą wartość kuchenki wykonanej tylko z odpadów i tylko częściowo w godzinach pracy, Sąd Powiatowy we Włocławku wyrokiem z 18 września 1951 wymierzył najniższą przewidzianą kodeksem karę – skazując go na 6 miesięcy więzienia, utratę praw publicznych i obywatelskich praw honorowych na przeciąg 3 lat oraz pobranie 30 zł opłat sądowych i pokrycie części kosztów postępowania.
Karę więzienia rozpoczął odbywać prawdopodobnie w kwietniu 1952, w jednym z zakładów karnych. Następnie, w maju 1952, został przeniesiony do Ośrodka Pracy Więźniów w Jelczu koło Oławy (był to największy ośrodek pracy związany z branżą samochodową, powstały w ramach tzw. „produktywizacji więźniów”). Plutonowy Wojciech Chojnacki zmarł w Jelczu dnia 23 lipca 1952 na atak serca i spoczął na tamtejszym cmentarzu (jego grób nie zachował się). Żona, samotnie wychowująca trójkę dzieci, nie miała środków finansowych aby sprowadzić ciało męża do Włocławka. Na pogrzeb wyjechał starszy syn – Eugeniusz.
W dniu 1 stycznia 1935 zawarł we włocławskim kościele pw. Św. Jana związek małżeński z Walerią z domu Błaszczyk, córką Walentego i Anieli z Jarzębińskich (ur. 3 lutego 1917 we Włocławku, zm. 1 grudnia 2005 tamże). Z ich związku narodziła się czwórka dzieci: Eugeniusz (1935-1994), Ryszard (ur. 1937), Elżbieta (ur. 1941) i Edward Stefan (ur. i zm. 1949).
W środku siedzi ppłk Franciszek Sudoł (zastępca dowódcy pułku), na lewo od niego siedzą por. Wacław Fabijanowski i por. Konstanty Biesiekierski. Po prawej stronie od ppłk. Sudoła siedzą mjr Stanisław Pietrzyk i ppor. Józef Minkina. St. szer. Wojciech Chojnacki oznaczony strzałką. Zbiory Mariana Ropejko.
Zbiory Pana Piotra Dreliszaka.
Symboliczny grób plut. Wojciecha Chojnackiego znajduje się na cmentarzu komunalnym we Włocławku – sektor: 73, rząd: 10, grób: 298.
