Urodził się w dniu 22 stycznia 1905 we wsi Tarnów (powiat Garwolin ówczesnego województwa lubelskiego), jako syn Tomasza i Franciszki z domu Smolińskiej. Ochrzczony został w parafii Samogoszcz. Jego braćmi byli Aleksander (ur. 1902) i Franciszek (ur. 1906). W 1929 zdał egzamin dojrzałości w prywatnym Seminarium Nauczycielskim w Warszawie. Absolwent Szkoły Podchorążych Piechoty w Ostrowi-Komorowie, w której kształcił się w latach 1929-1932. 26 lipca 1932 Komendant Okręgu Nr I Związku Strzeleckiego nadał sierżantowi podchorążemu Janowi Kowalczykowi Odznakę Strzelecką III klasy. Promowany na stopień podporucznika w korpusie piechoty został ze starszeństwem od dnia 15 sierpnia 1932 i 325. lokatą oraz wcielony do 14 pułku piechoty z Włocławka na stanowisko dowódcy plutonu.
Pierwszym jego przydziałem była 8. kompania strzelecka 14 pp. W okresie od 23 stycznia do 1 lutego 1933 przebywał na kursie narciarskim. Następnie dowodził plutonem w 5. i 9. kompaniach strzeleckich. Na dzień 1 lipca 1933 zajmował 810. lokatę łączną wśród podporuczników korpusu piechoty. W dniu 21 września 1933 odnotowany został na stanowisku młodszego oficera (dowódcy plutonu) w 6. kompanii strzeleckiej 14 pułku piechoty, a na dzień 4 września 1934 piastował funkcję młodszego oficera 1. kompanii strzeleckiej w I batalionie włocławskiego pułku. Z kolei w dniu 17 września 1934 r. zajmował stanowisko młodszego oficera 7. kompanii strzeleckiej w III batalionie, a z dniem 4 marca 1935 wyznaczono go dowódcą plutonu w 5. kompanii strzeleckiej. Awansowany do stopnia porucznika ze starszeństwem od dnia 1 stycznia 1935 i 278. lokatą w korpusie oficerów piechoty.
30 czerwca 1935 Minister Spraw Wojskowych udzielił porucznikowi Janowi Kowalczykowi pochwały za wyszkolenie szeregowych uzupełniających Korpus Ochrony Pogranicza. Dowódca 4 Dywizji Piechoty w dniu 19 lipca 1935 udzielił mu pochwały za utrzymanie na najwyższym poziomie wyszkolenia szeregowych (rocznik 1913) uzupełniających KOP.
Na dzień 5 czerwca 1935 zajmował 2713. lokatę łączną wśród poruczników korpusu piechoty. Od 29 lipca 1935 dowodził plutonem w 4. kompanii strzeleckiej 14 pp, a od 13 marca 1936 plutonem w 1. kompanii strzelców. Później piastował jeszcze stanowisko dowódcy plutonu w 2. i 9. kompaniach strzeleckich włocławskiego pułku.
W II połowie lat 30-tych por. Kowalczyk był kilkukrotnie karany ostrzeżeniami, naganami i aresztami domowymi (w tym obostrzonymi) – przez Oficerski Sąd Honorowy 14 pułku piechoty, dowódcę 14 pułku piechoty, dowódcę 4 Dywizji Piechoty i dowódcę Okręgu Korpusu Nr VIII. Powodem tych kar było przede wszystkim pożyczanie pieniędzy od podwładnych (posiadał w tym czasie długi, których nie był w stanie spłacić). Wyrokiem Wojskowego Sądu Okręgowego Nr VIII w Grudziądzu z 6 lipca 1937, pod przewodnictwem ppłk. audytora dr. Longina Wałęgi, został skazany na karę trzech miesięcy twierdzy.
11 stycznia 1938 wdrożono z urzędu postępowanie rewizyjno-lekarskie wobec por. Jana Kowalczyka. Z dniem 30 kwietnia 1938, jako zupełnie i trwale niezdolny do służby wojskowej, został przeniesiony w stan spoczynku. Na dzień 10 sierpnia tr. przynależał do Oficerskiej Kadry Okręgowej Nr IV.
19 lutego 1966 zawarł w Urzędzie Stanu Cywilnego w Chynowie związek małżeński z Zuzanną Chmielewską (ur. 1901, zm. 1983), wdową po Józefie Sałyga.
Jan Kowalczyk zmarł 3 grudnia 1980 w szpitalu w Czerwonej Górze pod Chęcinami. Pochowany został 6 grudnia tr. na cmentarzu parafialnym w Sobikowie – sektor: G, rząd: 08, grób: 010.
