Urodził się w dniu 7 października 1901 we wsi Raciniewo (powiat Chełmno) jako syn Leona i Anny Wilczyńskiej. Ukończył sześć klas szkoły powszechnej, po czym przebywał przy rodzicach.
W dniu 17 czerwca 1919 wstąpił do Wojska Polskiego i otrzymał przydział go 63 pułku piechoty, z którym wziął udział w wojnie polsko-bolszewickiej. Po odbyciu obowiązkowej służby wojskowej kontynuował karierę jako podoficer zawodowy – początkowo w 63 pp, a od dnia 1 listopada 1924 jego jednostką macierzystą został 14 pułk piechoty z Włocławka. Jako żołnierz włocławskiego pułku w pierwszych latach pełnił służbę w toruńskim Dowództwie Okręgu Korpusu Nr VIII.
Rozkazem organizacyjnym Nr 1 Dowództwa 14 pułku piechoty z dnia 16 września 1930 sierżant Zygfryd Kowalski przydzielony został na stanowisko instruktora do komendy miejskiej Przysposobienia Wojskowego na miasto Włocławek (funkcję komendanta miejskiego piastował wówczas por. Zygmunt Beliczyński). Rozkaz organizacyjny Nr 1 dowództwa włocławskiego pułku z dnia 1 kwietnia 1932 i rozkaz organizacyjny Nr 3 z 1 września 1933 ponownie nadały mu przydział służbowy do komendy miejskiej PW we Włocławku. W okresie późniejszym zajmował stanowiska szefa kompanii i dowódcy plutonu. Awansowany do rangi starszego sierżanta. W 1938 odznaczony został Brązowym Krzyżem Zasługi – za zasługi w służbie wojskowej.
W II połowie 1944 mieszkał w Warszawie przy ulicy Puławskiej 24. Brał udział w działalności konspiracyjnej jako żołnierz Armii Krajowej. Zginął 27 września 1944 podczas powstania warszawskiego – zaduszony w kanale burzowym w ulicy Agrykola. Podczas ewakuacji z Mokotowa do Śródmieścia Południowego wraz z grupą powstańców zbłądził w kanałach i poniósł w nich śmierć (wraz z 31 innymi ewakuowanymi) wskutek zagazowania przez Niemców tychże kanałów karbidem.
W czasie powojennej ekshumacji zidentyfikowano 13 ofiar tej zbrodni, w tym Zygfryda Kowalskiego (w kanale znaleziono fragmenty jego dokumentów). Ofiary zostały upamiętnione tablicą z piaskowca (zwaną „Krzyżem Grunwaldzkim”) ustawioną na trawniku przy skwerze im. Stefana Kisielewskiego „Kisiela”.
Starszy sierżant Zygfryd Kowalski odznaczony był:
- Brązowym Krzyżem Zasługi
- Brązowym Medalem za Długoletnią Służbę
- Medalem Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości
- Medalem Pamiątkowym za Wojnę 1918-1921