Urodził się w dniu 14 marca 1905 w Gągolinie (parafia Siennica, powiat Mińsk Mazowiecki) jako syn Marcina (małorolnego chłopa) i Ewy z domu Antosiewicz. Ukończył szkołę powszechną w Siennicy, a od 1917 uczył się w gimnazjum w Mińsku Mazowieckim. Maturę zdał eksternistycznie w 1927 w Chełmnie. Nie posiadając środków materialnych na rozpoczęcie studiów wyższych, wstąpił w 1926 do Oficerskiej Szkoły Piechoty w Ostrowi Mazowieckiej (przemianowanej w sierpniu 1928 na Szkołę Podchorążych Piechoty), którą ukończył w 1928.
Promowany na stopień podporucznika w korpusie piechoty ze starszeństwem od 15 sierpnia 1928 i 87. lokatą oraz wcielony do 14 pułku piechoty z Włocławka na stanowisko dowódcy plutonu. W 1930 zajmował 126. lokatę łączną wśród podporuczników piechoty, a na dzień 16 września tr. piastował stanowisko młodszego oficera (dowódcy plutonu) w kompanii szkolnej i strzeleckiej włocławskiego pułku. Awansowany do rangi porucznika ze starszeństwem od 1 stycznia 1931 i 86. lokatą w korpusie oficerów piechoty. Na dzień 1 lipca 1933 zajmował 1669. lokatę łączną wśród poruczników piechoty. W okresie od 4 sierpnia do 3 grudnia 1933 przebywał na 4-miesięcznym kursie pionierów w modlińskim Centrum Wyszkolenia Saperów. W dniu 4 września 1934 odnotowany został na stanowisku dowódcy plutonu pionierów 14 pułku piechoty.
Na dzień 5 czerwca 1935 zajmował 78. lokatę wśród poruczników korpusu piechoty w swoim starszeństwie, była to jednocześnie 1423. lokata łączna wśród poruczników piechoty. W I półroczu 1936 przebywał na kursie dowódców kompanii w rembertowskim Centrum Wyszkolenia Piechoty. Na dzień 21 września 1936 nadal dowodził plutonem pionierów 14 pp.
Awansowany do rangi kapitana ze starszeństwem od 19 marca 1937 i 306. lokatą w korpusie oficerów piechoty. W październiku 1937 skierowany na kurs przygotowawczy do Wyższej Szkoły Intendentury, w połowie marca następnego roku przebywał już na kursie w Wyższej Szkole Intendentury (kurs 1938 -1940). Na stanowisku dowódcy plutonu pionierów 14 pp zastępował go w tym czasie por. Lucjan Smolarczyk. Na dzień 23 marca 1939 zajmował 245. lokatę wśród kapitanów korpusu piechoty w swoim starszeństwie.
We wrześniu 1939 walczył pod Wieluniem i Łodzią. Od 8 września 1939 na stanowisku szefa intendentury Wołyńskiej Brygady Kawalerii. Pod Brzezinami odłączył od Brygady, następnie w zgrupowaniu „Drohiczyn Poleski”, gdzie od 14 września sprawował funkcję szefa intendentury. Wraz ze zgrupowaniem wszedł w skład dywizji „Brzoza”, w której również objął stanowisko szefa służby intendentury (wobec ukończenia części kursu prawdopodobnie otrzymał tytuł oficera dyplomowanego intendentury). Do niemieckiej niewoli dostał się pod Kockiem.
Przetrzymywany w oflagach IV C Colditz, II A Prenzlau, II E Neubrandenburg (numer jeniecki 523) i II D Gross-Born. Podczas pobytu w niewoli ukończył kurs Wyższej Szkoły Handlowej. W dniu 28 stycznia 1945 rozpoczęła się ewakuacja oflagu na zachód. Kapitan Wójcik z kilkoma oficerami nie podporządkował się nakazom Niemców i ukryli się na terenie obozu. 5 lutego tr. odzyskał wolność i zgłosił chęć służby w Ludowym Wojsku Polskim. Przyjęty do czynnej służby wojskowej w dniu 14 lipca 1945, w międzyczasie powrócił do Włocławka i pracował w Zarządzie Miejskim jako naczelnik Wydziału Wojskowego.
Od kwietnia 1945 członek Stronnictwa Demokratycznego. W Ludowym Wojsku Polskim pełnił między innymi obowiązki szefa służby zaopatrzenia bydgoskiej 14 Dywizji Piechoty.
Stefan Wójcik zmarł w dniu 1 lutego 1955 we Włocławku i spoczywa na tamtejszym cmentarzu komunalnym – sektor: 25, rząd: 10, grób: 203.
W dniu 21 stycznia 1934 we włocławskiej parafii wojskowej pw. św. Michała zawarł związek małżeński z Marią Jarnuszkiewicz, córką Zdzisława i Kazimiery z Górnikiewiczów (ur. 3 lutego 1913 we Włocławku, zm. 16 stycznia 1986 tamże). Z ich związku narodzili się: syn Jacek (ur. 1935), syn Andrzej (ur. 1945, zm. 1946) oraz syn Marek (ur. 1947, zm. 2021).