Urodził się w dniu 22 stycznia 1905 we wsi Tarnów (powiat Garwolin ówczesnego województwa lubelskiego), jako syn Tomasza i Franciszki z domu Smolińskiej. Ochrzczony został w parafii Samogoszcz. Jego braćmi byli Aleksander (ur. 1902) i Franciszek (ur. 1906). W 1929 zdał egzamin dojrzałości w prywatnym Seminarium Nauczycielskim w Warszawie. Absolwent Szkoły Podchorążych Piechoty w Ostrowi-Komorowie, w której kształcił się w latach 1929-1932. 26 lipca 1932 Komendant Okręgu Nr I Związku Strzeleckiego nadał sierżantowi podchorążemu Janowi Kowalczykowi Odznakę Strzelecką III klasy. Promowany na stopień podporucznika w korpusie piechoty został ze starszeństwem od dnia 15 sierpnia 1932 i 325. lokatą oraz wcielony do 14 pułku piechoty z Włocławka na stanowisko dowódcy plutonu.
Pierwszym jego przydziałem była 8. kompania strzelecka 14 pp. W okresie od 23 stycznia do 1 lutego 1933 przebywał na kursie narciarskim. Następnie dowodził plutonem w 5. i 9. kompaniach strzeleckich. Na dzień 1 lipca 1933 zajmował 810. lokatę łączną wśród podporuczników korpusu piechoty. W dniu 21 września 1933 odnotowany został na stanowisku młodszego oficera (dowódcy plutonu) w 6. kompanii strzeleckiej 14 pułku piechoty, a na dzień 4 września 1934 piastował funkcję młodszego oficera 1. kompanii strzeleckiej w I batalionie włocławskiego pułku. Z kolei w dniu 17 września 1934 r. zajmował stanowisko młodszego oficera 7. kompanii strzeleckiej w III batalionie, a z dniem 4 marca 1935 wyznaczono go dowódcą plutonu w 5. kompanii strzeleckiej. Awansowany do stopnia porucznika ze starszeństwem od dnia 1 stycznia 1935 i 278. lokatą w korpusie oficerów piechoty.
30 czerwca 1935 Minister Spraw Wojskowych udzielił porucznikowi Janowi Kowalczykowi pochwały za wyszkolenie szeregowych uzupełniających Korpus Ochrony Pogranicza. Dowódca 4 Dywizji Piechoty w dniu 19 lipca 1935 udzielił mu pochwały za utrzymanie na najwyższym poziomie wyszkolenia szeregowych (rocznik 1913) uzupełniających KOP.
Na dzień 5 czerwca 1935 zajmował 2713. lokatę łączną wśród poruczników korpusu piechoty. Od 29 lipca 1935 dowodził plutonem w 4. kompanii strzeleckiej 14 pp, a od 13 marca 1936 plutonem w 1. kompanii strzelców. Później piastował jeszcze stanowisko dowódcy plutonu w 2. i 9. kompaniach strzeleckich włocławskiego pułku.
W II połowie lat 30-tych por. Kowalczyk był kilkukrotnie karany ostrzeżeniami, naganami i aresztami domowymi (w tym obostrzonymi) – przez Oficerski Sąd Honorowy 14 pułku piechoty, dowódcę 14 pułku piechoty, dowódcę 4 Dywizji Piechoty i dowódcę Okręgu Korpusu Nr VIII. Powodem tych kar było przede wszystkim pożyczanie pieniędzy od podwładnych (posiadał w tym czasie długi, których nie był w stanie spłacić). Wyrokiem Wojskowego Sądu Okręgowego Nr VIII w Grudziądzu z 6 lipca 1937, pod przewodnictwem ppłk. audytora dr. Longina Wałęgi, został skazany na karę trzech miesięcy twierdzy.
11 stycznia 1938 wdrożono z urzędu postępowanie rewizyjno-lekarskie wobec por. Jana Kowalczyka. Z dniem 30 kwietnia 1938, jako zupełnie i trwale niezdolny do służby wojskowej, został przeniesiony w stan spoczynku. Na dzień 10 sierpnia tr. przynależał do Oficerskiej Kadry Okręgowej Nr IV.
I rząd – siedzą od lewej: kpt. Marian Matera, mjr Aleksander I Zabłocki, mjr Aleksander Fiszer, ppłk Franciszek Sudoł, płk Ignacy Misiąg, ppłk Hugo Mijakowski, mjr Stanisław Brzeziński-Dunin, mjr Stanisław Pietrzyk, mjr dypl. Wilhelm Paszkiewicz
II rząd – stoją od lewej: kpt. Emil Zawisza de Sulima, kpt. Michał Naziembło, kpt. Mieczysław Sanak, kpt. Józef Tkaczyk, kpt. Ignacy Alejski, kpt. lek. Zygmunt Pukianiec, kpt. Józef Rodzeń, kpt. Roman Zawarczyński, kpt. Jan Fleischmann, por. Stefan Spychalski, kpt. Piotr Wittman
III rząd – stoją od lewej: por. Jan Herman, por. Stefan Wójcik, por. Franciszek Ptaszyński, por. Zygmunt Beliczyński, kpt. Wiktor Jarocki, por. Władysław Szelepin, por. Jan Wiśniewski, por. Józef Minikina, ppor. Czesław Łabencki, por. Wacław Fabijanowski, ppor. Władysław Stepokura (stoi niżej), ppor. Tadeusz Wroński, ppor. lek. Stefan Żabicki
IV rząd – stoją od lewej: ppor. Jan Kowalczyk, por. Józef Stawicki, por. Konstanty Biesiekierski, kpt. dypl. Józef Olędzki, ppor. Jan Grabiński, ppor. Ryszard Jagiełło, ppor. Zygmunt Buczyński, ppor. Stanisław Domagalski, ppor. Leonard Królak
Źródło: zbiory własne.
19 lutego 1966 zawarł w Urzędzie Stanu Cywilnego w Chynowie związek małżeński z Zuzanną Chmielewską (ur. 1901, zm. 1983), wdową po Józefie Sałyga.
Jan Kowalczyk zmarł 3 grudnia 1980 w szpitalu w Czerwonej Górze pod Chęcinami. Pochowany został 6 grudnia tr. na cmentarzu parafialnym w Sobikowie – sektor: G, rząd: 08, grób: 010.
